Costruita dal popolo bizantino con dei resti provenienti da Tharros, San Giovanni si presenta con una facciata romanica di pietra nuda, con tre navate coperte da volte a botte e con una modesta cupola circondata dal fascino esotico della cultura orientale.
Scavi recenti hanno portato alla luce un tesoro più antico di questo modesto edificio dal fascino esotico, orientata ad est – dove sorge il sole - è stato rinvenuto infatti un edificio sacro che ospita sarcofagi di epoca paleocristiana.
Una volta entrati all’interno si resta incantati dall’essenzialità dello stile antico, l’illuminazione centrale e la navata centrale stretta, le mura di pietra il cui affresco sono i radi ciuffi di muschio, ma in particolare il solo crocefisso posto al centro, non soltanto della chiesa, ma anche dello spirito e della fede sulla quale si fonda, conferiscono un’intima atmosfera di raccoglimento e preghiera suggerendo molto più senso religioso di qualunque altro tesoro dell’arte.