I collegamenti sono assicurati tutto l'anno verso i porti di Livorno, Savona, Nizza, Tolone e Marsiglia. Inoltre, sono attivi collegamenti stagionali verso Golfo Aranci, Piombino e Genova. È anche il principale scalo merci dell'isola. Per far fronte all'aumento dei traffici e della lunghezza delle navi, verrà modificato per accogliere unità di lunghezza superiore ai 175 m, che è il massimo consentito dal porto attuale. È previsto infatti l'adattamento dell'attuale bacino alle esigenze di traffico e di dimensioni delle navi mentre non verrà costruito un nuovo porto per ovviare ad alcune problematiche. Voluto dall'attuale giunta comunale, il nuovo porto della Carbonite è osteggiato dalle associazioni ecologiste che temono una modifica delle correnti marine nella zona e la distruzione di un vasto posidonieto. A Bastia ci sono anche due porti turistici, il porto vecchio (350 posti), piccola insenatura e primo porto della città, e il più moderno Porto di Toga (357 posti).